Ο ΙΣΑ προσέφυγε στο ΣτΕ ζητώντας την ακύρωση και την αναστολή εκτελέσεως της με αριθμ. Φ. 90380/25916/3294/2-11-2011 (ΦΕΚ Β’ 2456/3-11-2011 ) «Ενιαίος Κανονισμός Παροχών Υγείας(ΕΚΠ.Υ.) του Εθνικού Οργανισμού Παροχών Υπηρεσιών Υγείας( Ε.Ο.Π.Υ.Υ.), των Υπουργών Οικονομικών, Εργασίας και Κοινωνικής Ασφάλισης, Υγείας και Κοινωνικής Αλληλεγγύης. Με την προσφυγή του ο Ι.Σ.Α. χαρακτηρίζει την απόφαση παράνομη, ως εκδοθείσας εκτός νομοθετικής εξουσιοδοτήσεως, αλλά και αντίθετη στις διατάξεις περί άσκησης του ιατρικού επαγγέλματος και του κώδικα ιατρικής δεοντολογίας, αλλά και τις διατάξεις των άρθρων 4, 5, 21 παρ. 3 Συντ.

Όπως αναφέρει ο πρόεδρος του ΙΣΑ Γ. Πατούλης "Με την απόφαση αυτή σε μία ιδιαίτερη δύσκολη για όλους του Έλληνες οικονομική συγκυρία, επιχειρείται αφενός η κατ΄ ουσία κατάργηση του δικαιώματος κάθε ιατρού να ασκεί το ιατρικό λειτούργημα εφόσον δεν έχει συνάψει σύμβαση με το ΕΟΠΥΥ. Αφετέρου, ακόμη και αν είναι συμβεβλημένος περιορίζεται το δικαίωμά του να προτείνει την κατά την κρίση παροχή, διάγνωση ή θεραπεία και να αμειφθεί για αυτή αναλόγως αν αυτή προβλέπεται και έχει τιμολογηθεί.

Επιπλέον, για συγκεκριμένες παροχές απαιτείται περιοριστικά γνωμάτευση ιατρού Διευθυντή Κλινικής Κρατικού Νοσοκομείου ή Πανεπιστημιακής Κλινικής ή Στρατιωτικού Νοσοκομείου ή ιδιωτικής Κλινικής της αντίστοιχής με την πάθηση ειδικότητας ή των νομίμων αναπληρωτών τους, παραγνωρίζοντας τη νομοθετημένη ισότητα των ιατρικών πιστοποιητικών και γνωματεύσεων".